He estado sufriendo este fallo durante una semana y ya he descubierto el error.
Tengo una web montada con Xoops 2.5.4 y con los módulos Protector, Perfil de usuario, Mensajes privados, Common Utilities, FmContent, ExtGallery, News (con el bloque LateNews) y Publisher.
El problema me lo he encontrado cuando he querido desactivar el News junto con el LateNews ya que me gusta más el Publisher.
Al hacerlo se pierde la conexión a la página, tanto a la parte pública como la de administración.
Se puede ver en los vídeos que he grabado.
Vídeo 1
Vídeo 2
Finalmente he descubierto que el fallo se genera en la carpeta xoops_data/cache/xoops_cache.
No sé exactamente en qué archivo pero borrando todos los archivos de esa carpeta y reponiéndolos por una copia anterior, se soluciona el problema.
Yo lo pongo por si a alguien le ocurre lo mismo o por si alguien quiere solucionarlo.
Gracias

Por cierto, si hago lo mismo (renombrar, desactivar,...) desde el módulo Common Utilities no me da ningún problema.
Por comentar....

Esos archivos los genera el cache de xoops, tambien puedes borrar los archivos de xoops_data/caches/smarty_compile, menos el index.html, ese archivo debe permanecer en todas las carpetas que no sean la raíz del sitio